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日本的各类大学都对外国留学生进行日语能力和相关科目的考试，考试内容和方法各异。大多数国立、公立大学和部分私立大学承认财团法人日本国际教育协会举办的“自费外国人留学生统一考试”以及日本国际教育协会和国际交流基金联合主办的“日本语能力考试”，以次作为考生是否合格的判定材料或参考材料。

有些学校还要求考生接受其他考试，如大学考试中心的考试等，但不具有普遍性，
此外，日本的大学还对外国留学生进行入学审查，诸如入学申请材料及有关证明材料的审查，学历检查、面试、小论文、作文或对学生其他能力及适应性的检查等，审查项目和要求各异。
一般留学生都以国立及公立为目标，因为学费及宿舍便宜。国立、公立大学之入学金约17~20万日元，学费约25~35万日币（一年），但是留学生的学费可免。私立大学的费用约与短期大学相同。

大学院（研究生院）
大学院开设硕士课程、博士课程。
硕士课程通常为2年，学生取得专业科目所规定的学分并完成全部硕士课程，通过论文审查和考试后可获得硕士学位。

博士课程通常为3年（也有把硕士课程与博士课程综合安排的5年一贯制的博士课程，前两年为博士前期课程，后3年为博士后期课程），学生完成规定学分和博士课程，通过博士论文审查和考试可获得博士学位。齿学、医学、兽医学的博士课程一般为4年。

申请到大学院攻读硕士、博士者，一般需接受该大学院举行的入学考试，考试合格者准予入学。少数学校仅审查学生的有关材料，即可判断学生是否合格。大学院的入学考试，通常有审查材料、小论文、专修科目、基础科目笔试和口试，同时还进行日语英语或其他外语的测试。

对大学院中不以攻读学位为目的的外国进修生、旁听生，多数学校仅对他们的有关材料进行审查，不要求其参加入学考试。

进入大学院以攻读学位为目的的外国留学生，很多人在最初的半年到一年的时间里，用以准备应付进入大学院正规课程（即学位课程）的入学考试。

大学院的学费基本与大学相当。

大学院一般设在大学内，与其他发达国家相比，规模不大。大学院虽与学部（学院）并存于大学，但有其自己的独立性。目前很多大学的大学院正在进行改革，以扩大招生，培养适应社会发展所需要的具有科研和实际工作能力的多面人才。